本會成立于1961年2月26日，至今已40年。歷屆的理事長為：第一至六屆 (1961∼1978) 魏炳炎教授，第七、八屆 (1978∼1984) 徐千田教授，第九、十屆(1984∼1990) 李噭堯教授，第十一屆 (1990∼1993) 由吳香達和陳皙堯教授先后擔任，第十二屆 (1993∼1995) 為張升平教授，第十三屆 (1996∼1998) 為黃思誠教授，第十四屆（1998∼2000）為蔡明賢教授，以及第十五屆（2000~2002）的蘇聰賢教授。

    會員人數由第一屆的207人逐年成長，至今已逾2300人。由于會員人數眾多，由十三屆開始將會員制改為會員代表制，目前共有會員代表152人。會員代表大會推選出35名理事及11名監事組成理、監事會，并設有專科醫師考試、學朮研究、繼續教育、健保醫政、醫院評鑒、財務、雜志編輯、會訊編輯、“國際事務”、醫療糾紛、公關及兩岸學朮交流、RU486管理、康樂福利、婦女健康對策、陰道鏡訓練計畫暨子宮頸抹片采樣品質提升計畫以及百年史等16個委員會協助處理會務。

    本會于創立之初即籌划發行學朮性會刊雜志，由1962年之第1卷至今年已進入第39卷，在台灣之學朮界應屬于相當有歷史及份量之醫學雜志。本會刊雜志每年定期出版四期，由于內容丰富且具有相當高之水准，曾獲“內政部”頒獎

    表揚為優良刊物。除了醫學雜志以外，本會另有發行會訊，刊載理、監事會及各委員會之會議決議及執行情形，讓會員能隨時了解學會的動態，并可做雙向之溝通。 

在本會過去的輝煌歷史里，有几件較重大的事情值得一提：

1.    理監事任期由早期的三年一任且連選得連任逐漸改為三年一任并不得連任，再到目前的二年一任并只能連任一次。

2.    會員制于1996年6月2日修改為會員代表制。 

    3.    1989年12月3日至8日由本會籌辦第12屆亞太婦產科醫學會議 (Asian- Oceanic Congresson Obstetrics and Gynecology)，是一個相當成功之國際性醫學會議。當時的籌辦會議主席為李噭堯教授，秘書長為前馬偕醫院藍中基院長。