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台大眼科主任楊燕飛教授深感台灣眼科界需要團結起來并積極參與島內外的學朮交流，于是于1960年5月15日創立台灣眼科醫學會，并擔任第一屆理事長，當時會員共一百零七位，1960年11月20日首次舉辦台灣眼科醫學會第一次學朮演講會，1961年7月8日起正式參加國際眼科醫學會會員，1966年10月發行第一卷會刊，以加強眼科醫學之研究及提高眼科醫學之水准。在會刊發刊詞中并指出「古諺云：工欲善其事，必先利其器」，又鑒于：
1.
以往各會員之研究或臨床例証及專題討論會等之報告，因缺乏記錄而隨歲月遺忘﹔
2.
會員中因事未參加開會者，更無緣一知學朮演講會等之活動及眼科醫學年來之實際進步情形﹔
3.
缺少工具與外界眼科學朮團體相聯絡，以擷人之長彌己之短－故發行本會刊。
1973年設立桂山論文獎學金（桂山是楊教授別號），迄今27年以來不斷獎勵眼科學朮研究并提高研究精神！此外自1960年起楊教授共擔任本會歷屆理事長職，到第六屆時為了讓年輕人有發揮的空間，因此讓賢由陳振武教授繼任，第八、九屆理事長則為柯良時教授，第十屆理事長是劉榮宏教授，第十一屆則由陳德照教授擔任。
台灣眼科醫學會在過去的40年以來，會員從一百零七位到現在的一千多位，而且論文的發表從過去的一年出版一本會刊到現在一年已可出版四本，學朮演講會從一年舉辦一次到現在每年至少舉辦二次。
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