國家非處方藥領導小組對非處方藥遴選原則的第一條要求是應用安全。主要包括：根據現有資料和臨床經驗證實安全性大的藥品；在正常用法與正常劑量時，不產生不良反應，或雖有一般副作用，用藥人可以自行覺察，而且停藥後可以迅速自行消退的藥品；用藥前後不需做特殊試驗的藥品；不易引起依賴性的藥品。
    有的人可能認為，非處方藥既然如此安全，吃多點吃少點沒啥關係。這是完全錯誤的。其實世界上沒有無毒的用藥，非處方藥同樣也有毒性，只是相對地說毒性小些罷了。世界上沒有無害的藥物。
    俗語說得好，“是藥三分毒”，非處方藥也不例外。美國醫院藥師學會調查表明，醫院內錯誤用藥率占1％～20％。按1％計算，英國每年發生藥害10950起。我國不合理用藥研討會的報告說，不合理用藥約占12％～32％。人類每天都在蒙受藥害，最嚴酷的事實是，世界衛生組織提供的資料指出：“全球有1/3的患者死于用藥不當”，“全球有1/7的病死者的病因不是自然固有的疾病，而是不合理用藥。”
    西藥中毒事件經常發生.例如，感冒通是屬於非處方藥範疇，主要治療感冒所引起的頭痛、咽喉腫痛、發熱等症狀，效果較好。但近年來發現其毒副作用日漸增多。據報導，它的不良反應有血尿、過敏反應、消化道損傷、肝腎損害以及陽萎。這些反應使人難以承受。美國加州大學伯克利分校生化學家斯蒂芬.克裏森領導的研究小組發現，γ-維生素E能夠去除人體內可導致心臟病和癌症的亞硝酸鹽，並且是唯一可以去除污染氣體氧化氮的維生素E品種，所以許多人服用維生素E。然而目前市售的維生素E，50％含有α-維生素E，如果服用過多，會使血液中γ-維生素E含量降低，影響其發揮作用。給動物服用超劑量維生素E，可出現很多毒性，如生長受阻、骨骼鈣化、睾丸萎縮、畸胎等。人服大量維生素E後，可出現輕度噁心、疲乏，少數婦女月經量增加或閉經，有的連續服用維生素E1年後，發生了下肢血栓性靜脈炎。連口服維生素都會出現這樣多的毒性，其他藥就不必多講了。所以，千萬不要認為非處方藥沒有毒性，服多服少沒有關係。
    許多人認為中藥無毒性，這也是一種誤解，中藥中毒，有的更甚。例如，巴豆中毒使人嘔吐、腹瀉、劇烈瀉下。馬錢子中毒使人強直性痙攣、四肢震顫、牙關緊閉、不省人事。桃仁服用過量可導致延髓呼吸中樞麻痹。苦杏仁含氫氰酸，中毒時致呼吸肌麻痹而死亡。蒼耳子含對肌肉、神經有毒的物質，過量服用可中毒死亡。瓜蒂中毒可致嘔吐。半夏、南星中毒使人咽幹口燥、痰中帶血。白果中毒使人頭痛、發熱、抽搐、煩躁、嘔吐、呼吸困難。黴甘蔗中毒常危及患兒生命。當然，這些單味藥是不會列入非處方藥服用的。但是，許多中成藥是由各種單藥配製而成的，同樣具有一定的毒性。例如黃連素，目前應用甚廣，能治多種疾病，但其不良反應也偶見噁心、嘔吐、皮疹和藥熱。靈芝片主要作用為養心安神、補血益氣、止咳平喘。但如果服用不當，極少數病人可出現頭暈、口鼻及咽部乾燥、鼻衄、臉潮紅、噁心、食欲不振、心慌，胃部不適及便血等。有些藥，一般人服用後十分安全，但有些特異體質病人服用，則可發生強烈的不良反應，包括過敏、中毒等。所以，用藥要十分慎重。